2006년도 국가연구개발사업 대학분야 간접경비 계상 기준안에 따라 우리대학교가 연구개발사업 수행에 투입하는 간접경비 비율을 산정하여 제출한 결과(원가계산에 의거 산출), 연구개발사업비 대비 29.1%를 간접경비 비율로 인정받게 됐다. 이에 2007년도부터 시행되는 국가연구개발사업과 관련하여 인정되는 간접경비 비율이 20%로 조정됐다(정부 지정 상한선 20% 적용). 이의 시행과 관련하여 현재 교육인적자원부에서 세부 시행안을 마련 중에 있으며, 확정되면 추후 안내할 예정이다.