의·치과대학 2년 동안 정원의 50%만 선발 의과대학과 치과대학은 오는 2009학년도부터 전문대학원제를 도입한다. 의과대학은 의학전문대학원 도입에 따른 수 차례의 전체 교수회의를 통해 심도 있는 토의를 가졌으며 1월 24일 상임교수회의에서 의학전문대학원 도입을 결정했다. 또한 치과대학도 1월 25일 임시 전체 교수회의를 소집하여 치의학전문대학원 도입을 결정했다. 이번 결정 안에 따르면 우리 의·치과대는 기존 예과와 본과 6년 과정으로 정원의 50%를 선발하고 나머지 50% 학생은 의학전문대학원으로 선발한다. 이에 따라 기존 6년 대학과정에 지원하는 학생들은 고교졸업 학력을 가지고 현행 대학입학전형에 따라 지원하게 되며, 소정의 의학교육을 마치면 학사학위를 받게 된다. 전문대학원 지원자는 학사 이상의 학력 소지자 중 의학교육입문검사(MEET: Medical Education Eligibility Test)와 치의학교육입문검사(DEET: Dentistry Education Eligibility Test)에 합격한 지원자중 별도의 입시전형을 거쳐 선발케 되며, 4년 간의 소정의 의학교육을 마치면 석사학위를 받게 된다. 2009학년도 전문대학원제 도입에 따라 2007학년도와 2008학년도 2개년 동안은 의과대와 치과대는 기존 입학정원의 50%인 55명과 30명만(정원외 입학제외) 선발한다. 한편 원주의대는 기존 6년제 통합과정의 의과대학 체제로 학생을 선발할 예정이다.