중앙도서관은 2004년 1학기부터 이화여대 중앙도서관 및 서강대 중앙도서관과 단행본 상호대차를 실시하기로 하였다. 3개 대학 도서관은 대학간 교류협력을 도서관 차원에서 뒷받침하고, 대학의 연구자에게 더 많은 학술정보를 제공하기 위해 각 도서관이 소장한 단행본을 공동으로 이용하기로 하였다. 상호대차 실시에 따라 각 대학의 이용자들은 3개 대학 도서관이 소장한 단행본 약 240만권(중복소장 포함)을 대출할 수 있게 되었다. 이용자격은 우선 전임교직원 및 대학원생에 한하고, 대출책수와 기간은 3책 14일간(1회 연장 가능)으로 하였다. 이용을 원하는 사람은 우리 도서관에 없는 자료가 이화여대 도서관이나 서강대 도서관에 소장되어 있으면 도서관 홈페이지에 있는 신청서를 작성하여 이메일(yoows@yonsei.ac.kr)이나 도서관 2층 대출계에 신청하면 된다. 이용자는 소장 도서관을 방문하여 자료를 대출할 수 있는데 이때 대출계에서 ‘상호대차의뢰서’를 발급 받아 지참해야 한다. 직접 방문이 어려운 이용자는 퀵서비스를 통해 자료를 대출할 수 있는데 이때 드는 배송비용은 본인이 부담해야 한다.