입학시 성적우수자에게 지급해오던 "연세특별장학금" 이 대폭 개선되는 한편 특기생 장학금 제도가 신설되어 95학년도부터 시행에 들어간다. 입학관리처(처장.김준석)는 잠재적 가능성과 창의성을 지니고 있으면서도 경제적인 여건으로 인하여 대학교육의 기회를 누리기 어려운 학생들을 최대한 실질적으로 지원함으로써 우수한 학생들이 면학에 몰두할 수 있는 교육여건을 조성한다는 취지 하에 "연세특별장학금"지급 계획안을 마련, 입학시 성적이 우수한 자와 특기생에게 대학 재학 4년동안 등록금 전액을 지급하고 지방학생 수혜자일 경우 재학 기간에 기숙사도 무료로 제공키로 했다. 성적우수장학금의 지급 범위는 <>서울캠퍼스 입학 당시 성적이 고교내신 1등급으로서 수학능력 시험 성적이 전국 계열별 상위 0.1%내에 속하는 학생 <>원주캠퍼스 의예과 입학당시 성적이 고교내신성적 1등급으로서 수학능력 시험성적이 전국 계열별 상위 0.3% 내에 속하는 학생 <>원수캠퍼스 의예과 이외학과에 입학 당시 성적이 고교내신성적 1등급으로서 수학능력시험성적이 전국 계열별 상위 1.0%내에 속하는 학생 <>서울, 원주캠퍼스 각대학의 일반전형 수석 합격생 <>특차전형의 문과,이과 각 계열의 수석 합격생 등이 이에 해당된다. 한편 특기생장학금은 문학.어학.수학.과학.체육.음악 각 부문별 특기생 중 최고상 수상자에 한하여 해당 분야에 뛰어난 업적을 남긴 분을 기려 재학 4년 동안 등록금 전액을 지급하게 된다. 단 '95학년도의 경우 문학과 어학특기생은 제외된다.