원주환경친화기술센터는 2001년 원주시와 우리대학교의 상호협약을 통해 원주시를 환경친화적이며 국제적으로 손색이 없는 건강·혁신·기업도시로 만들고 수자원의 청정 및 환경기술 개발지원을 목적으로 설립되어 2007년 9월에 개원하였다. 수계기금으로 조성된 환경친화기술센터는 수계관리기금 48억원과 원주시 기금 20억원을 지원받고 연세대에서 현재 위치하고 있는 부지를 무상으로 제공해 설립되었다. 이에 원주시와 협약을 통해 원주산학협력단이 위탁 운영되고 있다. 지난 5년간 원주환경친화기술센터는 원주지역의 산학관 공동연구의 중추적 역할을 수행하며 친환경산업단지 육성에 필요한 기술개발 및 인력양성 등을 목표로 많은 연구활동을 수행해 왔다. 그리고 센터의 입주기업과 긴밀한 연계를 통해 기업의 기술개발과 매출증대에 노력하고 있으며 수질측정기관, 먹는물 분석기관, 대기오염물질 분석, 환경에너지경영, 웰빙지수 인증 및 평가, 종합 환경관리 지원 등의 사업을 수행하고 있다. 또한 환경공학부 교수들의 역량으로 BK 21, 라돈환경보건센터, 에코스마트상수도시스템개발사업단, 녹색교육기관 등을 유치하여 국내적으로 유일무이한 최고의 환경센터로 자리잡고 있다. 올해는 교육과학기술부에서 주관한 LINC사업에 선정되었다. 이에 환경공학부는 도내외 환경업체와 산학연 협력을 통해 현장실습 및 학생들의 취업 연계, 산학공동기술개발 등을 강화하기 위한 가족회사제도를 운영하고자 이번 환경친화기술센터 5주년 기념행사와 더불어 29개의 도내외 환경관련 업체와 산학협력 협약식을 개최했다.