산학협력단에서는 서울시 주관 “특허등록 지원 사업”에 신청하여 선정된 특허에 대하여 발명자에게 서울시의 지원금 중 일부를 인센티브로 지급한다. 서울시 특허등록 지원 사업은 서울시 관내 대학에서 보유하고 있는 등록 특허에 대하여 서울시의 선정 평가를 통해 출원·등록비의 일부를 보조해 주는 사업으로, 우리대학교 산학협력단에서는 지난해 동 사업에서 신청 대학 중 최대의 지원금을 수주했었다. 이번 인센티브 지급은 98건의 특허 발명자들에게 총 2,900만원을 나누어 지급할 예정이다. 한편 산학협력단은 2007년도부터 발명자에 대한 보상 강화 및 지식재산권에 대한 인식을 제고하기 위하여 일정 요건을 갖추어 특허를 출원·등록하는 경우 발명자에게 소정의 보상금을 지급한다. 2007년 3월 1일 이후 연구비에서 출원·등록비를 충당하고 산학협력단의 일정 절차 요건을 갖출 경우, 출원 보상금으로 발명자에게 10만원, 등록 보상금으로 20만원을 각각 지급할 계획이다.