우리대학교 재무부는 2006년 12월 12일 한국사학진흥재단에서 주최한 '사학기관 경영 효율화 우수 사례'에 공모하여 우수상과 장려상을 수상했다. 우수상은 '경영 효율화 극대화를 위한 등록금 수납의 가상계좌 도입 사례'로 이는 2002년 2학기부터 등록금 수납에 1인당 가상계좌 개념을 최초로 도입한 것이다. 등록 업무의 체계적 관리를 위한 시스템 구축을 통해 조직의 내부통제 효과와 편리한 등록 서비스 제공을 통해 학생과 학부모의 만족 증대 및 행정의 효율성이라는 긍정적 효과를 가져 온 경영 효율화 사례로 평가받고 있다. 장려상을 수상한 '법인카드 전산화 사례'는 우리대학교에서 2001년 4월부터 시행해 온 법인카드 전산화에 대한 사례로 지출 증빙에 대한 투명성 확보, 내부 통제 효과 및 효과적인 예산 배분을 위한 분석 기반 확보 등에 크게 기여하고 있으며 타 대학에도 높은 파급효과가 기대된다.