김병수 총장은 9월 1일 새학기를 맞아 특별담화문을 발표했다. 담화문의 요약 내용은 다음과 같다.

20세기의 마지막 학기를 맞아 우리는 새로운 각오로 앞날을 준비해야겠습니다.

그동안 연세는 21세기 세계적 수준의 대학으로 발전하고자 부단히 노력해왔으나, 최근 정부의 두뇌한국21 사업에서 얻은 결과는 실망스러운 것이었습니다. 물론 이번 평가과정에 대한 문제를 제기할 수 있기는 합니다. 그러나 우리는 이에 좌절하지 말고 지속적인 개혁과 연구중심대학으로의 변화를 도모해야 할 것입니다.

이를 위해 학교는 보다 합리적인 전략을 세우고, 교원에 대한 공정한 평가와 보상, 재정의 효과적 배분, 인문사회계의 균등한 발전 등에 주력할 것입니다. 저의 임기를 마치는 그날까지 연세인 여러분과 함께, 연세를 최고 수준의 대학으로 발전시키는 데 최선을 다하겠습니다.

한편 교수평의회 임원단은 9월 8일 두뇌한국21 사업 선정결과에 대한 입장을 밝히는 성명서를 발표했다.

이에 따르면 교수평의회는 이번 사업 선정결과로 인해 다만 우리대학교뿐만 아니라 우리나라 전체 사립대학 운영이 심각한 위기를 맞고 있다고 밝히고, 연세의 발전을 위해 대학 구성원들간의 부단한 대화와 노력을 촉구했다.